科学、规范的管理是提高管理工作效益质量关键，管理体制和管理办法是加强科学基金管理的保证。我们重点抓好基金项目管理过程中关键环节的管理，注重强化年度进展报告、结题报告等报表的及时性、准确性和严肃性；采取措施，提高资助项目研究成果、学术论文的标注率；选择取得高水平成果项目进行重点跟踪。此外，每年定期召开一次全院国家自然科学基金工作会议，分析总结本年度国家科学基金申请、执行、结题的情况，交流经验，表彰先进，动员下一年度的国家自然科学基金申请工作，从而使国家自然科学基金的有关规定、管理办法为大家所了解、接受，密切了管理部门与科学基金申请者受资助者的相互沟通和配合，加强了我院国家自然科学基金项目的管理，使科学基金项目管理做到了规范化、程序化、科学化，对保证国家自然科学基金工作的质量起到了积极作用。
在课题实施阶段，不仅提出严格要求，而且从人员和物质上为完成研究任务创造良好条件。各级领导将课题的实施工作列入议事日程，加强指导协调和督促检查，发现问题及时研究解决，保证了课题计划的顺利实施。我院从紧缺的经费中拨出专款，购买一些科研急需的大型设备，以确保课题按期完成。实行了科室主任领导下的课(专)题负责人责任制。课题负责人向主管部门负责，专题负责人向课题负责人负责，明确分工，责任到人，经费到位。全院同志把国家自然基金课题当做全院的任务，相互支持，协力攻关。实验仪器中心、医学动物中心、科研试剂供应中心等科研服务部门积极主动提供服务，优先保证国家科研基金课(专)题研究工作的需要。医学情报中心优先为中标课题组进行追踪查新，《军医进修学院学报》对基金课题实行倾斜政策，以确保阶段性研究成果及时发表。在管理规定中强调了保持课题负责人的相对稳定，凡承担国家研究课题的主要人员，在课题研究期间原则上不予办理长期出国手续，与国外共同研究或协作的课题例外。
通过国家自然科学基金持续稳定的资助，促使了我院原有优势学科得以充实和发展。目前我院有国家重点学科1个，全军重点建设学科1个，全军医学专科中心10个，全军重点实验室4个；医院有高级专业技术人员570多名，中国工程院院士4名；有耳鼻咽喉、骨科、基础医学、老年医学、老年心血管病、神经病学、普通外科 7个研究所。在人工关节、传导性耳聋、周围神经损伤、多器官功能衰竭、肾移植、眼外伤、骨髓移植治疗白血病、脑肿瘤、口腔外科修复、旋磨术治疗冠脉斑块、肿瘤内辐射治疗肝癌、激光心肌再血管化的研究和诊治方面取得显著成绩。
